Considerando o Santuário de Fátima que a Primeira Pedra da Igreja do Santíssima Trindade, oferecida pelo Santo Padre João Paulo II, cumprirá melhor a sua missão se permanecer à vista de todos os que vierem a visitar, decidiu-se à sua colocação, após a conclusão da igreja, num local que possa tornar mais patente a gratidão ao Santo Padre. O local foi escolhido e a pedra ficará defronte do altar na nova igreja do Santuário. A colocação decorrerá durante o momento da dedicação, na tarde de 12 de Outubro. Recorde-se que em visita a Roma, um mês após o início das obras de construção da Igreja da Santíssima Trindade, em Março de 2004, o Reitor do Santuário de Fátima recebeu das mãos de João Paulo II a Primeira Pedra da Igreja da Santíssima Trindade, um fragmento do túmulo do Apóstolo S. Pedro. Na ocasião, Mons. Luciano Guerra salientou a forte ligação do agora falecido Sumo Pontífice a Fátima: “A oferta do Santo Padre, cujo amor para com o Santuário de Fátima tem sido demonstrado em muitas e variadas ocasiões, será mais um marco a manifestar a sua profunda convicção de dever a Nossa Senhora de Fátima o facto de não ter sucumbido ao atentado de 13 de Maio de 1981. Ao mesmo tempo, esta preciosa relíquia servirá também de estímulo para todos quantos vierem a visitar o novo templo, no sentido de cultivarem o respeito para com a autoridade suprema da Igreja, a quem o Segredo de Fátima dá relevo de primordial importância. Nas Memórias da Irmã Lúcia é patente o alto lugar que a devoção ao Papa ocupa no coração dos três Pastorinhos e sobretudo no da pequena Jacinta. Esta pedra angular da nova igreja virá assim confirmar os três grandes amores dos cristãos de Portugal: a Eucaristia, Maria e o Papa”. A cerimónia da bênção e colocação da Primeira Pedra da Igreja da Santíssima Trindade teve lugar no dia 6 de Junho de 2004, precisamente no dia em que a Igreja universal celebra a solenidade da Santíssima Trindade. Considerando o Santuário de Fátima que a oferta do Santo Padre João Paulo II cumpriria melhor a sua missão se permanecesse à vista de todos os que vierem a visitar a Igreja da Santíssima Trindade, colocou na raiz do edifício uma outra pedra, tirada do maciço rochoso da escavação das obras.