As capelas da Reconciliação de Fátima já estão a funcionar na nova igreja da Santíssima Trindade, abandonando o espaço habitual, debaixo da colunata sul. No novo edifício há 44 confessionários disponíveis, 12 dos quais para peregrinos estrangeiros. Há ainda três capelas laterais para apoio ao serviço de reconciliação. Os horários para peregrinos de língua portuguesa são os seguintes: Sábado e Domingo – 7h30 às 19h30; Segunda a Sexta-feira – 7h30 às 13h00 e das 14h00 às 19h30; Dias 12 e 13 de Maio a Outubro – dia 12: 9h00 às 24h00; dia 13: 6h30 às 12h30.