O Supremo Tribunal de Justiça deu razão à CNIS no recurso de revista, oportunamente interposto pela Confederação, a propósito de vários preceitos estatutários. O STJ, através do Acórdão de 1 de Junho de 2006, revogou a decisão da Relação do Porto e recuperou a sentença proferida em primeira instância. A acção ordinária interposta pelo Ministério Público com vista à declaração de nulidade de vários dos preceitos estatutários da CNIS foi total e definitivamente julgada improcedente. Com esta decisão, para a qual foi determinante a capacidade argumentativa do ex-assessor jurídico da CNIS, Costa Fernandes, já se poderá proceder ao registo definitivo dos actuais estatutos da CNIS.