Reunido em sessão ordinária no dia 29 de Abril de 2005, o Conselho Científico da Faculdade de Teologia manifestou “o seu profundo pesar pela morte do Papa João Paulo II”, que em Maio de 1982 visitou a sede da Universidade Católica Portuguesa, em Lisboa, benzendo a primeira pedra da Biblioteca que tem o seu nome. O comunicado exprime ainda “apreço e gratidão pelo exercício de um ministério que deixou marcas históricas como testemunho de fé e de serviço cristão ao mundo”. O Conselho Científico congratula-se, por outro lado, com a eleição do papa Bento XVI, “cujo contributo teológico no decurso do Concílio Vaticano II e na recepção pós-conciliar o colocam, desde já, como um dos grandes teólogos do nosso tempo, com uma reflexão teológica que se tem repercutido também no trabalho desenvolvido no âmbito da Faculdade de Teologia”. “Ao mesmo tempo, em atitude de comunhão eclesial com o sucessor de Pedro, formula votos de um pontificado muito fecundo ao serviço do anúncio do Evangelho”, acrescenta a nota.