O exército indonésio poderá estar a utilizar indevidamente fundos internacionais destinados a projectos humanitários para a reconstrução do país, após o maremoto de 26 de Dezembro. Segundo a agência missionária Misna, responsáveis cristãos no país denunciaram a existência de operações militares contra os rebeldes separatistas de Papua (ex-Iran Jaya) que estariam a ser financiadas pela comunidade internacional, sem o seu conhecimento. 200 mil Euros da ajuda destinada a projectos humanitários nas áreas da saúde e da educação teriam sido gastos nestas operações. O presidente da Igreja Baptista na Papua ocidental, Sofyan Yoman, denuncia “violações dos direitos humanos, incêndios e execuções sumárias” cometidas pelos soldados do exército indonésio. Outras fontes, que pediram o anonimato por motivos de segurança, afirmaram ainda que o exército estaria a treinar milícias do grupo “Satgas Merah Puthin”, leal ao governo indonésio.